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由著名數學家、美國麻省理工學院數學系首席教授、美國普林斯頓大學教授、中科院院士田剛擔當所長的南京大學現代數學研究所于2003年宣布成立，它已成為南京大學數學系的科研基地、人才基地和國內主要的數學交流與研究中心之一，同時也是南京大學率先在國內成立的5個學科特區之一。

    現代數學研究所自成立以來，每年從國外邀請一定數量的國際知名專家和海外留學生到研究所來訪問、講學或做短期的合作研究，舉辦一定數量的國內和國際研討班，接納一定數量的國內外訪問學者。同時組織力量開展一些重大課題、跨學科課題的研究，逐步提高南京大學的數學研究在國內外的地位。

    現任所長田剛，于1958年出生于南京。1978年進入南京大學學習。1982年以優異的成績進入北京大學數學系攻讀碩士學位。1984年在獲得碩士學位后赴美國加州大學圣地亞哥分校數學系學習，后轉入哈佛大學，并于1988年獲得哈佛大學博士學位。1990年田剛應邀在國際數學家大會上做45分鐘報告。1994年，美國科學基金會（NSF）和美國國家科學委員會共同授予田剛教授沃特曼獎，該獎每年只授于一位科學家（包括自然科學和人文科學）。在他之前，全世界僅有兩位數學家獲得此獎。1995年，田剛轉任美國麻省理工學院數學系教授，并被選為Simons首席教授。田剛于2001年當選為中國科學院院士。2002年應邀在世界數學家大會上做一小時大會報告，他是迄今為止唯一獲得這種殊榮的中國籍科學家，也是世界上少數幾位兩次在世界數學家大會上做大會報告的人。作為數學家，田剛幾乎得到了除菲爾茨獎外的各種榮譽。1998年他被提名為菲爾茨獎候選人，被譽為中國大陸最接近數學諾貝爾獎———菲爾茨獎的人。